Virüs sınıflandırması

Virüs sınıflandırması, virüslerin taksonomik bir sistem içinde adlandırılma ve gruplandırılmalarını içerir. Hücresel canlıların görece oturmuş sınıflandırma sistemlerinde olduğu gibi, virüs sınıflandırması da süregiden tartışma ve önerilerin konusudur. Bu, büyük ölçüde, virüslerin henüz kesin bir şekilde "canlı" ya da "canlı olmayan" varlıklar olarak tanımlanamamış olmasından kaynaklanmaktadır. Dolayısıyla da virüsler, bitkiler ve hayvanlar gibi hücresel canlıları konu edinen biyolojik sınıflandırma sistemleri içine çeşitli nedenlerle sorunsuz bir şekilde yerleştirilememektedir.

Virüs sınıflandırması, virüslerin yapı (morfoloji), nükleik asit tipi, çoğalma tarzı, konak canlı ve neden oldukları hastalık gibi fenotipik özelliklerini temel alır. Bunun için günümüzde Baltimor sınıflandırması ve UVTK sınıflandırması olarak iki ana sistem birlikte kullanılmaktadır.

Sınıflandırma yöntemleri

Baltimore sınıflandırması

Baltimore sınıflandırması, virüsleri nükleik asit türü (DNA ya da RNA), nükleik asiti ipliği sayısı (tek iplikli ya da çift iplikli) ve çoğalma yöntemine göre Roma rakamları ile numaralanmış yedi gruptan birinin içine yerleştirir. Neden oldukları hastalıklar ve morfolojik özelliklerine göre de sınıflandırılmaları mümkünse de farklı virüslerin aynı hastalığa yol açabiliyor olması ve yapılarının çok benzer olabilmesi nedeniyle bu yöntemler tatminkar değildir. Ayrıca, çok küçük boyutları nedeniyle virüslerin yapılarının mikroskop altında belirlenmesi de oldukça zordur. Bu noktada, genomlarına göre sınıflandırmak, benzer davranış gösteren virüslerin belli kategorilerde toplanmasını sağlar. Böylece, ileri araştırmalar için belli bir yol da çizilebilmektedir. Nobel Ödülü biyolog David Baltimore tarafından geliştirilmiştir.

Baltimore sınıflandırmasının sunduğu ve Roma rakamlarıyla numaralandırılmış olan yedi grup aşağıda verilmiştir:

I: çiDNA virüsleri (örneğin Adenovirüsler, Herpesvirüsler, Poksvirüsler)
II: tiDNA virüsleri (+ iplikçikli veya "yönelimli") DNA (örneğin Parvovirüsler)
III: çiRNA virüsleri (örneğin Reovirüsler)
IV: (+) tiRNA virüsleri (+ iplikçikli veya "yönelimli") RNA (örneğin Pikornavirüsler, Togavirüsler)
V: (−) tiRNA virüsleri (− iplikçikli veya "yönelimli") RNA (örneğin Ortomiksovirüsler, Rabdovirüsler)
VI: tiRNA-RT virüsleri (+ iplikçikli veya "yönelimli") Hayat döngüsü içerisinde DNA aracılı RNA kullanır (örneğin Retrovirüsler)
VII: çiDNA-RT virüsleri (örneğin Hepadnavirüsler)

UVTK sınıflandırması

Uluslararası Virüs Taksonom Komitesi (UVTK), 1990'ların başında, virüslerin adlandırılması ve sınıflanması için çeşitli kurallar geliştirerek uygulamaya koymuştur ve günümüzde de virüs türlerinin adlandırılması ve bu sistem içinde yerleştirilmesini gözetmektedir. UVTK sınıflandırması, takson yapısına sahip olması gibi özellikleriyle biyolojik sınıflandırma yöntemleri ile çeşitli benzerlikler taşısa da bazı farklarla onlardan ayrılır:

UVTK sınıflandırması takım seviyesinden başlar ve tür seviyesine kadar iner. Geçerli seviyeler, ilgili takson son ekleri parantez içinde belirtilmiş halde, şöyledir:

• Takım (-virales)

• Familya (-viridae)

• Alt familya (-virinae)

• Cins (-virus)

• Tür (-virus)

Uluslararası Bitkibilimsel Adlandırma Kuralları'ndakine benzer şekilde, cins ve tür adlarından başka takım ve familya adları da italik yazılır.
Önemli bir fark, tür adlarının genellikle [Hastalık]virus biçiminde belirlenmesidir.

Yaklaşık 80 familya ve 4.000 türün bilindiği bu sistemde takımların tanımlanması henüz çok yenidir ve yavaş işlemektedir: bugüne dek yalnızca üç takım belirlenmiştir (Caudovirales, Nidovirales, Mononegavirales) ve çoğu familya herhangi bir takım altına yerleştirilmemiş durumdadır. Benzer şekilde, 24 kadar cinsin de familyaları henüz belli değildir.

Sınıflandırma

Viral ajanlar

Sözü edilen ajanlar oldukça küçük virüslerdir.

Viroidler

Familya Pospiviroidae
- Cins Pospiviroid; Tipik türü: Patates yumru viroidi
- Cins Hostuviroid; Tipik türü: Hop stunt viroid
- Cins Cocadviroid; Tipik türü: Coconut cadang-cadang viroid
- Cins Apscaviroid; Tipik türü: Elma scar skin viroid
- Cins Coleviroid; Tipik türü: Coleus blumei viroid 1
Familya Avsunviroidae
- Cins Avsunviroid; Tipik türü: Avokado sunblotch viroidi
- Cins Pelamoviroid; Tipik türü: Şeftali mozaik viroidi

g t d Mikrobiyoloji: Virüsler
Târihçe • Giriş • Virüslerin sosyal geçmişi • Viroloji
Bileşenler	Viral genom Viral protein Kapsid Viral zarf Virüs morfolojileri
Viral hayat döngüsü	Viral giriş Virüs replikasyonu Viral çıkış Viral uyku Viroplazma (İnklüzyon cisimcikleri)
Genetik	Virüs mutasyonu (Antijenik kayma) Rekombinasyon Reassortman (Antijenik sapma) Fenotipik karışım Genotipik karışım Viral vektör
Konak	Konak özgüllüğü Bakteriyofaj (liste) Virofaj Mikofaj Ökaryot virüsleri listesi Bitki virüsü (Plant to Human) Hayvan virüsü İnsan viromu Archea virus (liste) Amoeba virus Chromalveolata virus
Etkileri	Viral hastalık Sitopatojenik etki Yavaş virüs enfeksiyonu
Belirtiler ve Testler	Pencere dönemi Prodromal dönem
Diğerleri	Virüs sınıflandırması (Baltimor, UAVTK) Virüs türleri listesi Virüs Yardımcı virüs Defektif virüs Viroid Prion Viral enfeksiyonların laboratuvar tanıları Epidemiyolojilerine göre virüsler Viral yükleme Virus-benzeri partikül Viral miktar Antiviral ilaçlar Virüs tropizmi Virüslerin sosyal tarihi Uydu virüs Dev virüsler

Sınıflandırma yöntemleri

Baltimore sınıflandırması

UVTK sınıflandırması

Sınıflandırma

Grup I: çift iplikli DNA virüsleri

Grup II: tek iplikli DNA virüsleri

Grup III: çift iplikli RNA virüsleri

Grup IV: pozitif polariteli tek iplikli RNA virüsleri

Grup V: negatif polariteli tek iplikli RNA virüsleri

Grup VI: ters transkripsiyon yapan RNA virüsleri

Grup VII: ters transkripsiyon yapan DNA virüsleri

Viral ajanlar

Viroidler