Protein-protein etkileşimi

Protein-protein etkileşimleri (PPE), iki veya daha fazla protein molekülü arasında kurulan yüksek spesifikliğe sahip fiziksel temaslardır. Hidrojen bağı, elektrostatik kuvvetler ve hidrojen bağı gibi etkileşimlerin yönlendirdiği biyokimyasal olaylardır.

Proteinler daha çok düzenleyici işlev gördüğünden nadiren kendi başlarına hareket ettikleri görülür. Bir hücredeki birçok moleküler süreç, kendi PPE'leri tarafından organize edilmiş sayısız proteinden meydana gelen moleküler makineler tarafından gerçekleştirilir. Bu fizyolojik etkileşimler, organizmanın interaktomik yapısını oluşturuken anormal PPE'ler, Creutzfeldt–Jakob ve Alzheimer gibi protein agregasyonu temelli birçok hastalığın nedenidir.

PPE'ler çeşitli metodlarla ve farklı bakış açılarıyla çalışılmıştır: biyokimya, kuantum kimyası, moleküler dinamikler, sinyal transdüksiyonu ve dahası.^[1]^[2]^[3] Tüm bu bilgi, büyük protein etkileşim ağlarının^[4] (metabolik veya genetik/epigenetik ağlara benzer şekilde) oluşturulmasını sağlar. Bu sayede hastalıkların biyokimyasal kaskadı ve moleküler etiyolojisi hakkındaki halihazırda bilinenler artacak.

Kaynakça

^ Titeca, Kevin; Lemmens, Irma; Tavernier, Jan; Eyckerman, Sven (29 Haziran 2018). "Discovering cellular protein-protein interactions: Technological strategies and opportunities". Mass Spectrometry Reviews. 38 (1). ss. 79-111. doi:10.1002/mas.21574. ISSN 0277-7037. PMID 29957823.
^ Herce HD, Deng W, Helma J, Leonhardt H, Cardoso MC (2013). "Visualization and targeted disruption of protein interactions in living cells". Nature Communications. Cilt 4. s. 2660. Bibcode:2013NatCo...4.2660H. doi:10.1038/ncomms3660. PMC 3826628 . PMID 24154492.
^ Isa, Nur Firdaus; Bensaude, Olivier; Murphy, Shona (5 Şubat 2022). "Amber Suppression Technology for Mapping Site-specific Viral-host Protein Interactions in Mammalian Cells". Bio-protocol. 12 (3). ss. e4315. doi:10.21769/bioprotoc.4315. PMC 8855090 . PMID 35284605. 22 Haziran 2022 tarihinde kaynağından arşivlendi11 Ocak 2024.
^ Mashaghi, A.; ve diğerleri. (2004). "Investigation of a protein complex network". European Physical Journal. 41 (1). ss. 113-121. arXiv:cond-mat/0304207 . Bibcode:2004EPJB...41..113M. doi:10.1140/epjb/e2004-00301-0.

Ek okuma

Stark C, Breitkreutz BJ, Reguly T, Boucher L, Breitkreutz A, Tyers M (January 2006). "BioGRID: a general repository for interaction datasets". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue). ss. D535-9. doi:10.1093/nar/gkj109. PMC 1347471 . PMID 16381927.
Peri S, Navarro JD, Kristiansen TZ, Amanchy R, Surendranath V, Muthusamy B, Gandhi TK, Chandrika KN, Deshpande N, Suresh S, Rashmi BP, Shanker K, Padma N, Niranjan V, Harsha HC, Talreja N, Vrushabendra BM, Ramya MA, Yatish AJ, Joy M, Shivashankar HN, Kavitha MP, Menezes M, Choudhury DR, Ghosh N, Saravana R, Chandran S, Mohan S, Jonnalagadda CK, Prasad CK, Kumar-Sinha C, Deshpande KS, Pandey A (January 2004). "Human protein reference database as a discovery resource for proteomics". Nucleic Acids Research. 32 (Database issue). ss. D497-501. doi:10.1093/nar/gkh070. PMC 308804 . PMID 14681466.
Hermjakob H, Montecchi-Palazzi L, Lewington C, Mudali S, Kerrien S, Orchard S, Vingron M, Roechert B, Roepstorff P, Valencia A, Margalit H, Armstrong J, Bairoch A, Cesareni G, Sherman D, Apweiler R (January 2004). "IntAct: an open source molecular interaction database". Nucleic Acids Research. 32 (Database issue). ss. D452-5. doi:10.1093/nar/gkh052. PMC 308786 . PMID 14681455.
Chatr-aryamontri A, Ceol A, Palazzi LM, Nardelli G, Schneider MV, Castagnoli L, Cesareni G (January 2007). "MINT: the Molecular INTeraction database". Nucleic Acids Research. 35 (Database issue). ss. D572-4. doi:10.1093/nar/gkl950. PMC 1751541 . PMID 17135203.
Güldener U, Münsterkötter M, Oesterheld M, Pagel P, Ruepp A, Mewes HW, Stümpflen V (January 2006). "MPact: the MIPS protein interaction resource on yeast". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue). ss. D436-41. doi:10.1093/nar/gkj003. PMC 1347366 . PMID 16381906.
Pagel P, Kovac S, Oesterheld M, Brauner B, Dunger-Kaltenbach I, Frishman G, Montrone C, Mark P, Stümpflen V, Mewes HW, Ruepp A, Frishman D (March 2005). "The MIPS mammalian protein–protein interaction database". Bioinformatics. 21 (6). ss. 832-4. doi:10.1093/bioinformatics/bti115. PMID 15531608.

Dış bağlantılar

Wikimedia Commons'ta Protein-protein etkileşimi ile ilgili ortam dosyaları mevcuttur.

Protein–Protein Interaction Databases
Library of Modulators of Protein–Protein Interactions (PPI)
Curlie'de Proteins and Enzymes (DMOZ tabanlı)
Casado-Vela J, Matthiesen R, Sellés S, Naranjo JR (May 2013). "Protein–Protein Interactions: Gene Acronym Redundancies and Current Limitations Precluding Automated Data Integration". Proteomes. 1 (1). ss. 3-24. doi:10.3390/proteomes1010003. PMC 5314489 . PMID 28250396.
Robin V, Bodein A, Scott-Boyer MP, Leclercq M, Périn O, Droit A. Overview of methods for characterization and visualization of a protein–protein interaction network in a multi-omics integration context. Front Mol Biosci. 2022 Sep 8;9:962799. doi:10.3389/fmolb.2022.962799. PMID 36158572; PMCID: PMC9494275.

[:2-1] Titeca, Kevin; Lemmens, Irma; Tavernier, Jan; Eyckerman, Sven (29 Haziran 2018). "Discovering cellular protein-protein interactions: Technological strategies and opportunities". Mass Spectrometry Reviews. 38 (1). ss. 79-111. doi:10.1002/mas.21574. ISSN 0277-7037. PMID 29957823.

[2] Herce HD, Deng W, Helma J, Leonhardt H, Cardoso MC (2013). "Visualization and targeted disruption of protein interactions in living cells". Nature Communications. Cilt 4. s. 2660. Bibcode:2013NatCo...4.2660H. doi:10.1038/ncomms3660. PMC 3826628 . PMID 24154492.

[3] Isa, Nur Firdaus; Bensaude, Olivier; Murphy, Shona (5 Şubat 2022). "Amber Suppression Technology for Mapping Site-specific Viral-host Protein Interactions in Mammalian Cells". Bio-protocol. 12 (3). ss. e4315. doi:10.21769/bioprotoc.4315. PMC 8855090 . PMID 35284605. 22 Haziran 2022 tarihinde kaynağından arşivlendi11 Ocak 2024.

[Mashaghi,_A._2004_113–121-4] Mashaghi, A.; ve diğerleri. (2004). "Investigation of a protein complex network". European Physical Journal. 41 (1). ss. 113-121. arXiv:cond-mat/0304207 . Bibcode:2004EPJB...41..113M. doi:10.1140/epjb/e2004-00301-0.

[1]

[2]

[3]

[4]