Peptid kütle parmak izi

Biyo-bilişimde, bir peptid kütle parmak izi veya peptid kütle haritası, analiz edilen sindirilmiş bir proteinden gelen bir peptit karışımının bir kütle spektrumudur. Kütle spektrumu, proteini tanımlamaya hizmet edebilecek bir model olması anlamında bir parmak izi görevi görür.^[1] 1993 yılında geliştirilen peptid kütle parmak izi oluşturma yöntemi, bir proteinin izole edilmesinden, onu tek tek peptitlere ayrıştırılmasından ve bir tür kütle spektrometresi aracılığıyla peptitlerin kütlelerinin belirlenmesi adımlarından oluşur.^[2] Bir kez oluşturulduktan sonra, bir peptit-kütle parmak izi, ilgili protein ve hatta genomik diziler için veri tabanlarında arama yapmak için kullanılabilir. Bu da ilgili proteini kodlayan genlerin açıklanması için bu tekniği güçlü bir araç haline getirir.^[3]

Kitle parmak izinin önemli bir avantajı, gerçekleştirilmesinin peptit dizilemesine göre önemli ölçüde daha hızlı olması ve sonuçların eşit derecede faydalı olmasıdır.^[4] Dezavantajlar arasında analiz için yalnızca tek bir proteine ihtiyaç duyulması ve protein dizisinin bir veri tabanında en azından önemli bir homoloji ile yer alması gerekliliği bulunmaktadır. Tek tek peptitlerin kütlesi bir parmak izi oluştururken ölçüldüğünden, farklı protein karışımları güvenilmez sonuçlar verebilir. Bu nedenle numune hazırlama, süreçte önemli bir adımdır. Şayet ki, güvenilir sonuçlar elde edilirse, sonuçların yararlı olması için aranılan veri tabanında eşleşen bir peptid dizisi bulunmalıdır.^[5]

Ayrıca bakınız

Kaynakça

^ Mass spectrometry in the biological sciences^{[ölü/kırık bağlantı]}
^ James (31 Ağustos 1993). "Protein identification by mass profile fingerprinting". Biochemical and Biophysical Research Communications. 195 (1): 58-64. doi:10.1006/bbrc.1993.2009. ISSN 0006-291X. PMID 8363627.
^ Cottrell (1 Haziran 1994). "Protein identification by peptide mass fingerprinting". Peptide Research. 7 (3): 115-124. ISSN 1040-5704. PMID 8081066.
^ Pappin (1 Haziran 1993). "Rapid identification of proteins by peptide-mass fingerprinting". Current Biology. 3 (6): 327-332. doi:10.1016/0960-9822(93)90195-t. ISSN 0960-9822. PMID 15335725.
^ Henzel (1 Eylül 2003). "Protein identification: the origins of peptide mass fingerprinting". Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 14 (9): 931-942. doi:10.1016/S1044-0305(03)00214-9. PMID 12954162.

Dış bağlantılar

https://www.bruker.com/fileadmin/user_upload/8-PDF-Docs/Separations_MassSpectrometry/InstructionForUse/8702557_IFU_Bruker_Guide_MALDI_Sample_Preparation_Revision_E.pdf 8 Mayıs 2016 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
http://www.matrixscience.com/help/pmf_help.html 24 Şubat 2020 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
http://www.matrixscience.com/cgi/search_form.pl? 19 Ocak 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. FORMVER = 2 & ARA = PMF 19 Ocak 2019 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.
https://www.youtube.com/watch?v=xh8GGzsc2r4

[1] Mass spectrometry in the biological sciences^{[ölü/kırık bağlantı]}

[2] James (31 Ağustos 1993). "Protein identification by mass profile fingerprinting". Biochemical and Biophysical Research Communications. 195 (1): 58-64. doi:10.1006/bbrc.1993.2009. ISSN 0006-291X. PMID 8363627.

[3] Cottrell (1 Haziran 1994). "Protein identification by peptide mass fingerprinting". Peptide Research. 7 (3): 115-124. ISSN 1040-5704. PMID 8081066.

[4] Pappin (1 Haziran 1993). "Rapid identification of proteins by peptide-mass fingerprinting". Current Biology. 3 (6): 327-332. doi:10.1016/0960-9822(93)90195-t. ISSN 0960-9822. PMID 15335725.

[5] Henzel (1 Eylül 2003). "Protein identification: the origins of peptide mass fingerprinting". Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 14 (9): 931-942. doi:10.1016/S1044-0305(03)00214-9. PMID 12954162.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]