Memeli Promotörleri Veri Tabanı (MPromDb)
 | Bu madde, öksüz maddedir; zira herhangi bir maddeden bu maddeye verilmiş bir bağlantı yoktur. (Eylül 2022) |
Memeli Promotör Veritabanı (MPromDb) ChIP-SEQ sayesinde belirlenmiş gen promoterlerini içeren bir veriritabanıdır [1] Yakın promotör bölgesi (akışyukarısına çekirdek promotör bölgesinin yukarısa) çoğu transkripsiyon faktörlerinin (TFS) cis-düzenleyici elementlerini ihtiva eder.[2]
Son zamanlarda, aktif promotörlerü açımlamak için ChIP-seq ve hesaplama tekniklerinin karışımıolan daha iyi bir teknik gösterilmiştir.[3] Bu teknik, memeli sistemlerinde TF'lerin hedef genlerini bulmak için kullanılmıştır.[4] MPomDb bu teknolojiye dayanmaktadır. Ökaryotik organizmalar için küratörlü promotör dizileri, bir EPD veritabanı tarafından sağlanır;[5] ancak doku / hücre merkezli düzeyde promotör aktivite bilgisi sunulmaz.
MPromDb veritabanı, RNAP-II antikorları ve altı farklı insan hücre tipi ile gerçekleştirilen on farklı fare hücresi/doku ChIP -seq deneyini analiz ettikten sonra tanımlanan aktif RNAP-II promotörlerini eklemiştir.[6] Veriler, yüksek kaliteyi sağlamak için manuel düzeltmenin ardından bir dizi hesaplama yöntemiyle elde edilmiştir.[7] MPomDb'nin en yeni sürümünde, yaklaşık 507 milyon benzersiz şekilde hizalanmış RNA Pol-II ChIP-seq okumaları, altı insan hücre tipi ve 10 farklı fare hücresi/dokusu dahil olmak üzere 26 farklı veritabanı üzerinden analiz edilmiştir.Kaynak hatası: Açılış <ref> etiketi hatalı biçimlendirilmiş veya hatalı bir ada sahip (Bkz: Kaynak gösterme)
Kaynakça
[değiştir | kaynağı değiştir]- ^ Gupta (Jan 2011). "MPromDb update 2010: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-seq experimental data". Nucleic Acids Res. İngiltere. 39 (Database issue): D92-7. doi:10.1093/nar/gkq1171. PMC 3013732
. PMID 21097880.
- ^ Sun (2006). "MPromDb: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-chip experimental data". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): 98-103. doi:10.1093/nar/gkj096. PMC 1347458 . PMID 16381984.
- ^ Sun (Jan 2011). "Genome-wide mapping of RNA Pol-II promoter usage in mouse tissues by ChIP-seq". Nucleic Acids Res. 39 (1): 190-201. doi:10.1093/nar/gkq775. PMC 3017616 . PMID 20843783.
- ^ Weinmann (2002). "Isolating human transcription factor targets by coupling chromatin immunoprecipitation". Genes Dev. 16 (2): 235-244. doi:10.1101/gad.943102. PMC 155318 . PMID 11799066.
- ^ Schmid (2006). "EPD in its twentieth year: towards complete promoter coverage of selected model organisms". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): 82-85. doi:10.1093/nar/gkj146. PMC 1347508 . PMID 16381980.
- ^ Gupta (Jan 2011). "MPromDb update 2010: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-seq experimental data". Nucleic Acids Res. İngiltere. 39 (Database issue): D92-7. doi:10.1093/nar/gkq1171. PMC 3013732 . PMID 21097880.Gupta, Ravi; Bhattacharyya Anirban; Agosto-Perez Francisco J; Wickramasinghe Priyankara; Davuluri Ramana V (Jan 2011). "MPromDb update 2010: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-seq experimental data". Nucleic Acids Res. England. 39 (Database issue): D92-7. doi:10.1093/nar/gkq1171. PMC 3013732. PMID 21097880.
- ^ Sun (2006). "MPromDb: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-chip experimental data". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): 98-103. doi:10.1093/nar/gkj096. PMC 1347458 . PMID 16381984.Sun, Hao; Palaniswamy, Saranyan K.; Pohar, Twyla T. (2006). "MPromDb: an integrated resource for annotation and visualization of mammalian gene promoters and ChIP-chip experimental data". Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): 98–103. doi:10.1093/nar/gkj096. PMC 1347458. PMID 16381984.
