Bonera, kariyerine Brescia takımının altyapısında başladı. Daha sonra as takıma yükselen oyuncu, profesyonel ilk maçını 1999 - 2000 sezonunda Serie B'de gerçekleştirdi. Bu ekipte iki başarılı sezondan sonra, millî takıma çağrıldı ve ilk maçını 5 Eylül 2001'de Fas'a karşı oynadı. Bonera, 2002 - 2003 sezonunda Parma FC'ye transfer oldu. Bir sonraki transferi ise 28 Temmuz 2006'da Serie A'nın güçlü ekiplerinden Milan'a idi. Bonera'nın ilk Şampiyonlar Ligi tecrübesi ise Anderlecht'e karşıydı ama, bu maçta frikik sırasında topu düdükten önce vurmaktan gördüğü ikinci sarı kartın ardından oyundan 47. dakikada atıldı. 2007-2008 sezonunda ise sağ bekten ortaya geçen Bonera'nın bu değişikliğinin sebebi, göbek oyuncularının sakatlanması ve kanat bölgesine Lazio'dan Massimo Oddo'nun alınmasıydı.
İtalya
